De in Utrecht geboren middenvelder groeide op in de Utrechtse wijken Zuilen en Overvecht en is afkomstig van de amateurs van USV Elinkwijk in Utrecht. Zijn eerste offici�le wedstrijd voor het eerste van PSV speelde hij op 4 februari 2004 in de beker tegen NAC (0-1 verlies). Hij viel in de 72ste minuut in voor Johann Vogel. Zijn competitiedebuut volgde tien dagen later tegen FC Twente, toen hij inviel voor verdediger Kevin Hofland.
In het seizoen 2003-2004 speelde hij in totaal drie offici�le duels. Het seizoen 2004-2005 heeft hem zeven competitiewedstrijden opgeleverd. Op 18 december 2004 startte hij in de basis tegen Roda JC. In de kampioenswedstrijd op 23 april 2005 tegen Vitesse viel Afellay in de 15de minuut in voor aanvaller Robert. Het was PSV's 18e landstitel, Afellay's eerste. In de topper tegen Feyenoord op 15 mei 2005 scoorde Afellay tweemaal; dit waren tevens zijn eerste twee goals voor PSV.

In het kampioenschap van 2006/2007 waarin PSV op de laatste dag het kampioenschap pakte met ��n doelpunt verschil speelt Afellay 27 van de 34 wedstrijden. Ook nu nog moet hij regelmatig verstek laten gaan wegens blessures, zij het al een flink stuk minder, maar Afellay's basisplaats staat niet ter discussie en Afellay groeit uit tot basisspeler bij PSV. Zijn ontwikkeling wordt onderkend en Afellay wordt Nederlands Talent van het Jaar van het seizoen 2006/2007.

In het Nederlands Elftal moet Afellay het afleggen tegen van der Vaart en Sneijder en kan hij niet rekenen op een basisplaats.